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此次补充另外的5个留神数据集

2024-06-21 16:04    点击次数:54

  

此次补充另外的5个留神数据集

近来一些小伙伴留言要singleR中小鼠的留神数据集,呐,这不就来了嘛!

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前边在单细胞器用箱|singleR-单细胞类型自动留神(含数据版)中先容了singleR进行自动化留神的设施以及2个东说念主的内置数据集,此次补充另外的5个留神数据集。

singleR自带的7个参考数据集,其中5个是东说念主类数据,2个是小鼠的数据:BlueprintEncodeData Blueprint (Martens and Stunnenberg 2013) and Encode (The ENCODE Project Consortium 2012) (东说念主)DatabaseImmuneCellExpressionData The Database for Immune Cell Expression(/eQTLs/Epigenomics)(Schmiedel et al. 2018)(东说念主)HumanPrimaryCellAtlasData the Human Primary Cell Atlas (Mabbott et al. 2013)(东说念主)MonacoImmuneData, Monaco Immune Cell Data - GSE107011 (Monaco et al. 2019)(东说念主)NovershternHematopoieticData Novershtern Hematopoietic Cell Data - GSE24759(东说念主)ImmGenData the murine ImmGen (Heng et al. 2008) (鼠)MouseRNAseqData a collection of mouse data sets downloaded from GEO (Benayoun et al. 2019).鼠)

以下两种获得形势,按需自取

一 ,代码获得形势

和网速和拜谒形势关系黑色金属

remotes::install_github("LTLA/celldex")library(celldex)ref <- HumanPrimaryCellAtlasData() save(ref,file = 'HumanPrimaryCellAtlasData.Rdata')ref <- BlueprintEncodeData() save(ref,黑色金属file = 'BlueprintEncodeData.Rdata')ref <- MouseRNAseqData() save(ref,file = 'MouseRNAseqData.Rdata')ref <- ImmGenData() save(ref,file = 'ImmGenData.Rdata')ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData() save(ref,file = 'DatabaseImmuneCellExpressionData.Rdata')ref <- NovershternHematopoieticData() save(ref,file = 'NovershternHematopoieticData.Rdata')ref <- MonacoImmuneData()save(ref,file = 'MonacoImmuneData.Rdata')
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